プログラム・ソフトウェア特許権とプログラム著作権
プログラムや，ソフトウェアは物の発明やパーソナルコンピューターの利用方法の発明として特許権の対象となり得ます。また，プログラム・ソフトウェア発明を具体的に実施するために実際に記述されたプログラムを含めて，具体的に記述されたプログラムは，プログラムの著作物として著作権の保護対象となり得ます。
では，プログラム・ソフトウェアの特許権と，プログラムの著作権はどのような関係にあるのでしょうか。
プログラムの著作権は現に記述されたプログラム表現を著作「物」と観念し，文字通り「物」権的に保護します。これに対して，ソフトウェアやプログラムの発明は，現に記述されたプログラムを含めて，コンピューターの産業上の利用（方法）を保護します。確かに特許法上プログラムは物と規定されています。このように，プログラムが物の発明と表現されるとしても，ここでは，発明に徴表された産業上のパーソナルコンピューター利用の実現手段等として生み出されるプログラム一般を保護しています。これに対して著作権法上の保護は，プログラム表現それ自体にしか及びません。
つまり著作権法は保護すべきプログラムを，具体的な表現形式に着目して特定しているのに対して，特許法は，保護すべきプログラムを，課題を解決するための産業的なコンピューターの利用方法実現と結びついているか否かに着目して特定しています。通常産業的なコンピューターの利用方法を実現する具体的なプログラムの記述は何通りも考えられるため，特許権で保護されるプログラムの保護範囲の方が著作権法上のプログラムの保護範囲より広いことになります。
このことを，現状では，特許法はアイディアを保護し，著作権法は表現を保護すると説明する場合があります。
このように，特許法で保護されるプログラムの保護範囲が広範であるため，法は，特許権の取得に出願手続きを要求しています。反対に，無方式で保護される著作権は，具体的なプログラムそれ自体の保護に限られています。保護すべきプログラム・ソフトウェアの状況に応じて，特許法及び著作権法を選択し，或いは組み合わせて，知的財産の保護を図っていく必要があります。
プログラム・ソフトウェアと商標権
次に，プログラムやソフトウェアを商品として売り出す場合など，商品等を識別するために商品名やマークなどと組み合わせて売り出すことが通常です。こうした商品名やマークなどと，プログラム・ソフトウェア商品との結びつきを保護するのが，商標権です。もっとも，商標権の付与を受けるには商標出願をする必要があります。
プログラム・ソフトウェアと意匠権
ソフトウェアのパッケージ（意匠法施行規則別表第一に例示された「包装用箱」等）など，ソフトウェア，プログラムを商品化する際に生まれた物品と結びついたデザインは，意匠となり，意匠出願により意匠権を付与され得ます。
